In
vicinanza della chiesa di San Nicolò, sorgeva fin dal 1488 un Oratorio dedicato
a Maria Assunta con un'edicola dove era affrescata l'immagine della Vergine.
Nel 1456, per ringraziare la Madonna di averli liberati dalla peste che aveva
imperversato in quegli anni, gli jesini, "in men di ventiquattr'ore",
trasformarono l'edicola in una piccola Cappella votiva, mentre i Magistrati
della città dichiararono pubblicamente la Vergine "Liberatrice e patrona
della città", ordinando che venisse solennemente festeggiata il 2 aprile
di ogni anno.Nel 1470 l'immagine della Vergine venne di nuovo affrescata, quasi sicuramente dallo jesino Andrea di Bartolo e fu venerata prima come "Santa Maria della Misericordia", poi "del Soccorso" e, infine, con l'attuale titolo di "Madonna delle Grazie".
Per officiare la Cappella vennero chiamati nel 1486 i Frati Carmelitani che gli costruirono attorno una chiesa dedicata alla Madonna del Carmine e che fu completata nel 1509. Essendo poco solida, la Cappellina fu rafforzata nel 1523 come ricorda una scritta in latino sul piccolo portale rinascimentale posto sulla facciata a destra dell'ingresso principale.
Nel
1557 si ricorda un altro intervento della Madonna delle Grazie durante la liberazione
di Jesi dalle truppe francesi ad opera di un manipolo di soldati guidati dal
Gonfaloniere Roberto Santoni.Due quadri collocati a fianco dell'affresco della Vergine, dipinti dal pittore veneto Angelo Zona nel 1843 e dallo jesino Luigi Mancini nel 1850, stanno a ricordare gli interventi miracolosi della Madonna contro la peste e contro i francesi.
Verso il 1619 venne eretto l'attuale campanile dalla caratteristica cuspide ottagonale, mentre dal 1751 al 1756 la chiesa venne completamente ristrutturata in stile barocco su disegno dello jesino Nicola Maiolatesi.
Sui cinque altari laterali sormontati da colonne e pregevoli decorazioni a stucco, vennero collocate altrettante tele raffiguranti i misteri della vita di Cristo, dipinte dal fabrianese Luigi Lanci, tranne la "Natività", realizzata nel 1759 dall'artista anconetano Nicola Bertucci. In occasione del rifacimento della chiesa, anche la Cappellina venne riadattata al nuovo gusto artistico dell'epoca e il Magistrato cittadino, che aveva il giuspatronato su di essa, ne affidò il progetto, nel 1795, a Mattia Capponi, mentre le decorazioni della volta furono eseguite da Luigi Lanci.
I Carmelitani, che vennero allontanati nel periodo napoleonico e subito dopo l'Unità d'Italia, sono di nuovo custodi dal 1930 del Santuario delle Grazie, il tempio mariano più venerato dall'intera popolazione della Vallesina. Sono ospitati nell'attiguo convento iniziato nel 1550 e completato nel 1624 con la costruzione del chiostro, di cui, il pittore urbinate Giovanni Calderi, affrescò le quindici lunette con storie della vita di Santa Teresa d'Avila.
Nel 1769 e nel 1781 il convento ha subito degli ampliamenti e altre successive trasformazioni ne hanno alterato notevolmente la struttura originaria.