L'ex Chiesa di S. Floriano è la più importante della città sotto il profilo storico e religioso. Infatti fin dal sec. XII fu dedicata al patrono della comunità jesina e qui si svolgevano le più importanti cerimonie pubbliche tra cui, il 4 maggio, la presentazione del Palio da parte dei Castelli di Jesi in segno di sottomissione alla città.
Nel 1439 venne presa in consegna dai Frati Minori Conventuali, provenienti dal convento di S. Marco.
I religiosi, a partire dal 1478, procedettero ad un rinnovamento interno del tempio medioevale che era a navata unica, orientato in direzione nord-sud, con ingresso sul cortile dell'attuale Palazzo Ghisleri.
Negli stipiti della porta d'ingresso sono tuttora visibili alcune pietre intagliate in stile romanico della precedente chiesa medioevale.
Fu allora che la planimetria venne modificata collocando l'ingresso verso Piazza S. Floriano, con la creazione di nuove Cappelle che ben presto si arricchirono di monumenti sepolcrali ed opere d'arte, tra cui La Deposizione, L'Annunciazione e la Pala di Santa Lucia di Lorenzo Lotto, realizzate tra il 1512 e il 1532 ed ora conservate nella Pinacoteca Civica assieme ai sarcofagi e ai bassorilievi che originariamente la adornavano.
L'aspetto attuale è frutto del rifacimento avviato nel XVIII sec. nel corso del quale la chiesa e il convento subirono radicali trasformazioni ad opera dell'architetto Francesco Maria Ciaraffoni che ne progettò gli interni e lo scalone.
Le decorazioni della volta interna della cupola sono del pittore Luigi Mancini che vi lavorò a partire dal 1851, con Le Storie di S. Francesco.
La chiesa, sconsacrata nel 1860, divenne prima sede della biblioteca, poi della Pinacoteca Comunale: oggi è sede del Teatro Studio Valeria Moriconi inaugurato nel 2002.