Il nucleo originario della raccolta è formato da opere a carattere religioso dal XV al XIX secolo, in origine collocate in varie chiese cittadine alle quali si sono aggiunti nel tempo altri dipinti ottenuti attraverso lasciti, depositi, donazioni e acquisti.
Caratterizza la collezione comunale un consistente gruppo di opere di Lorenzo Lotto eseguite tra il 1512 e il 1535 per le chiese di S. Francesco al Monte e S. Floriano: la Deposizione, l’Annunciazione, la Madonna delle Rose, la pala di S. Lucia e la Visitazione.
All’area crivellesca rimanda la Pietà di Nicola di Maestro Antonio di Ancona, proveniente dalla chiesa di San Marco, che rivela uno stile espressionistico di grande impatto emotivo.
Oltre a quelle citate, la Pinacoteca conserva interessanti opere di pittori quali: Pietro Paolo Agabiti, Giuliano Presutti, Pomarancio, Francesco Albani, Antonino Sarti, Carlo Maratti, Carlo Cignani, G.Battista Langetti, Giacomo Del Po, Francesco Trevisani, Domenico Valeri, Cristoforo Unterperger.
Un insieme assai interessante è costituito dai Vasi da Farmacia proveniente dall’Ospedale di Jesi, fondato dai Fatebenefratelli nel 1742. Si tratta di una collezione completa di contenitori ceramici officinali composta da più di 200 pezzi realizzati nella bottega di Francesco Luzi di Urbania nel 1775.
Per quanto concerne il materiale scultoreo, si segnala la presenza si stemmi, lapidi, bassorilievi e fregi architettonici che coprono un arco di tempo che va dal XIII al XVIII secolo.
Di pregevole fattura, una croce astile in lamina d’argento datata 1525, firmata dall’incisore jesino Giovanni Battista De Santis e proveniente dalla demolita chiesa di S. Maria del Portone.