Di origini antichissime, l’edificio risale al XIII secolo, quando si iniziò ad urbanizzare quella parte di terreno, detta di Terravecchia, appena fuori dalla primitiva cerchia muraria. Ricostruita dalle fondamenta dai frati Apostoliti alla fine del ‘500, nella seconda metà del ‘600 venne ristrutturata e portata a nuova veste dai Padri Filippini, i primi e quasi gli unici ad introdurre il Barocco nelle Marche. Diviene così una precoce espressione dell’architettura barocca, lineare e classicheggiante tipica dell’ordine.
La facciata è in cotto, decorata da un bassorilievo marmoreo del secolo XVI raffigurante il “Battesimo di Cristo”.
Le cappelle interne, tre per parte voltate a botte, sono il risultato di interventi successivi. Da segnalare la preziosa icona del “Sangue Giusto”, affresco del 1333 attribuito a Pietro da Rimini, trasportato dalla Chiesa di San Nicolò in seguito al trasferimento della Parrocchia.
Le colonne di marmo che oggi compongono la balaustra dell’altare maggiore, furono fatte arrivare da Roma dal Cardinale Cybo.
La chiesa viene consacrata dal Cardinale Petrucci, personaggio di spicco della cultura italiana del suo tempo, nel 1694.
Allontanati i Filippini, la chiesa passa di proprietà del Seminario fino al 1820.
La Chiesa è stata restaurata negli anni recenti e riportata sul piano architettonico e decorativo alle originali inflessioni barocche. All'interno si conservano numerosi dipinti, busti e decorazioni, tra cui una tela di Gian Giacomo Duti, Noli me tangere del 1602, copia di un'opera di Federico Barocci del 1596 (conservata agli Uffizi); la sedia lignea appartenuta a San Filippo Neri, intagliata nel sec. XVII dall'urbinate A. Giardini e due leoncini in legno del sec. XIV.